A pesar que su construcción concluyó en 2020, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) sigue detectando irregularidades en la construcción de la Línea 3 del Tren Ligero de Guadalajara.
En el ejercicio fiscal de 2021 se destinaron recursos federales para labores finales de supervisión de la obra, donde se siguieron detectando anomalías como pagos en exceso.
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En los seis años de obra, de 2014 a 2021, las observaciones hechas por la ASF a la Línea 3 sumaron en total mil 851 millones de pesos, que equivale al 5.4% del costo total de la Línea 3 (33 mil 953 millones de pesos) o incluso al 18% del costo total de la Línea 4 del Tren Ligero que se está proyectando hacia Tlajomulco de Zúñiga, es decir, uno de cada cinco pesos para este sistema habría salido de las anomalías encontradas en la Línea 3.
Las nuevas observaciones realizadas por las ASF que derivaron en seis pliegos son por conceptos denominados como pagos en exceso.
Se autorizaron pagos en exceso por un monto de 129 millones 362 mil pesos pues no se presentó la documentación que soportara los incrementos en la contratación de personal técnico; depreciación, renta y operación de vehículos y consultoría, asesoría, servicios y laboratorios. Tampoco se proporcionó la documentación que acredite los pagos por anticipos a proveedores.
También se autorizaron pagos en exceso por un monto de 110 millones de pesos debido a que en el cálculo la empresa contratista no consideró los anticipos que ya había recibido en febrero de 2016 y junio de 2020, ni comprobó los pagos a proveedores.
Originalmente la Línea 3 del Tren Ligero tendría un costo de 17 mil millones de pesos y terminó superando los 33 mil millones de pesos. Entre las irregularidades halladas hubo tanto en la construcción de los viaductos, los túneles, las estaciones e incluso las líneas de suministro eléctrico.
