En el territorio nacional existen 176 áreas naturales que son administradas por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas y comprenden al menos 25 millones 394 mil 779 hectáreas.
Su denominación la obtienen al ser considerados como lugares que gozan de los ambientes originales al no haber sido alterados, significativamente, por la actividad del ser humano.
Esta condición es la que obliga a las autoridades a mantenerlas preservadas y restauradas.
Estos sitios están divididos en nueve regiones en el país; Península de Baja California y Pacífico Norte, Norte y Sierra Madre Occidental, Noroeste y Alto Golfo de California, Norte y Sierra Madre Oriental, Occidente y Pacífico Centro, Centro y Eje Neovolcánico, Planicie Costera y Golfo de México, Frontera Sur, Istmo y Pacífico Sur y la Península de Yucatán y Caribe Mexicano
Entre las regiones se ubican al menos 43 sitios entre parques nacionales, reservas naturales, áreas naturales protegidas y santuarios.
Algunos de ellos han logrado desarrollar la actividad turística a la par de la conservación del sitio, pues ofrecen diferentes espectáculos para los amantes de la naturaleza.
Península de Baja California y Pacífico Norte
- Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California en Baja California
- Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California en Baja California Sur
- Área de Protección de Flora y Fauna Valle de los Cirios
- Parque Nacional Archipiélago de San Lorenzo
- Parque Nacional Bahía de Loreto
- Reserva de la Biósfera Bahía de los Ángeles, canales de Ballenas y Salsipuedes
- Parque Nacional Archipiélago de Espíritu Santo
- Parque Nacional Cabo Pulmo
- Reserva de la Biosfera Isla Guadalupe
- Área de Protección de Flora y Fauna Cabo San Lucas
- Reserva de la Biosfera El Vizcaíno
- Área de Protección de Flora y Fauna Balandra
- Parque Nacional Zona Marina del Archipiélago de San Lorenzo
Noroeste y Alto Golfo de California
- Reserva de la Biosfera El Pinacate y Gran Desierto de Altar
- Reserva de la Biosfera Isla San Pedro Mártir
- Santuario Playa Ceuta
- Área de Protección de Flora y Fauna Meseta de Cacaxtla
- Reserva de la Biosfera Alto Golfo de California y Delta del Río Colorado
- Santuario Playa El Verde Camacho
- Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California en Sinaloa
- Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California en Sonora
Norte y Sierra Madre Oriental
- Área de Protección de Flora y Fauna Cuatrociénegas
- Parque Nacional Cumbres de Monterrey
- Área de Protección de Flora y Fauna Cañón de Santa Elena
Occidente y Pacífico Centro
- Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán
- Reserva de la Biosfera Mariposa Monarca
- Parque Nacional Isla Isabel
- Parque Nacional Islas Marietas
- Reserva de la Biosera Islas Marías
- Reserva de la Biosfera Marismas Nacionales, Nayarit
Centro y Eje Neovolcánico
- Área de protección de Flora y Fauna Corredor Biológico Chichinautzin
- Parque Nacional Grutas de Cacahuamilpa
- Parque Nacional Iztaccíhuatl-Popocatépetl
- Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca
- Reserva de la Biosfera Sierra Gorda
- Reserva de la Biosfera Tehuacán Cuicatlán
Planicie Costera y Golfo de México
- Áreas Protegidas del Golfo de México
Frontera Sur, Istmo y Pacífico Sur
- Reserva de la Biosfera El Triunfo
Península de Yucatán y Caribe Mexicano
- Parque Nacional Arrecife Alacranes
- Parque Nacional Arrecifes de Cozumel
- Parque Nacional Tulum
- Proyecto Domino
- Reserva de la Biosfera Calakmul
