El tren México-Querétaro ya cuenta con ubicaciones definidas para sus estaciones dentro del estado de Querétaro: la de la capital será construida cerca de la Antigua Estación del Tren, en la zona del Centro Histórico; mientras que la de San Juan del Río se ubicará cerca de la localidad de Los Frailes.
De acuerdo con la Manifestación de Impacto Ambiental del proyecto, la estación del municipio de Querétaro abarcará 9.3 hectáreas, cubriendo la zona a espaldas del Parque Alcanfores Norte desde el patio de maniobras de Canadian Pacific Kansas City (CPKC) hasta la Antigua Estación del Tren.
La estación de San Juan del Río será construida en un predio rural, a poco más de un kilómetro de la Autopista México-Querétaro, en el entronque ubicado a la altura del Instituto Tecnológico de San Juan del Río. Dicho predio tendrá una extensión de 13.4 hectáreas.
A las estaciones de Querétaro se suman la de Tula, Hidalgo, que abarcará 2.7 hectáreas en la colonia El Llano, cerca de la estación del tren eléctrico; y la de Buenavista, Ciudad de México, que será rehabilitada.
Junto con las estaciones, el proyecto contempla la construcción de 4 pasos de fauna por debajo de las vías férreas. El de Querétaro estaría ubicado cerca del Área Natural Protegida de Peña Colorada, mientras que los otros tres se construirían cerca del Parque Nacional de Tula, la Zona de Preservación Ecológica Vega de Madero y el Parque Estatal Sierra de Guadalupe-La Armella, en Tlalnepantla, Estado de México.
El megaproyecto también contempla la construcción y rehabilitación de 49 puentes, 6 túneles, 14 viaductos, 197 pasos vehiculares, 42 pasos peatonales y 200 obras de drenaje. El tren atravesará por 21 municipios y alcaldías, incluyendo 5 de Querétaro: San Juan del Río, Pedro Escobedo, Colón, El Marqués y Querétaro
De acuerdo con el documento —elaborado por la Secretaría de Infraestructura, Comunicaciones y Transportes—, el proyecto tendrá una longitud total de 230.34 kilómetros con doble vía para tren de pasajeros y tren de carga. Estos trenes compartirán secciones entre sí durante el recorrido; además, el tren de pasajeros compartirá 26 kilómetros con el tren Suburbano del Valle de México.
Los trenes de pasajeros será híbridos de tecnología diésil-eléctricos y viajarán a una velocidad de 160 kilómetros por hora, con un tiempo de recorrido aproximado de una hora con 50 minutos y una carga máxima de 19 toneladas. En cambio, los trenes de carga viajarán a 85 km/h y podrán cargar hasta 32.5 toneladas.
La superficie de las vías y las estaciones sumará mil 69.9 hectáreas, de las cuales 90.3 requerirán remoción de vegetación forestal. La gran mayoría de la vegetación corresponderá a matorrales, aunque también se retirará vegetación secundaria arbórea de bosque de galería, vegetación secundaria arbustiva de bosque de encino y vegetación secundaria arbustiva de selva baja caducifolia.
De manera preliminar, se prevé que la inversión del proyecto sea de 144 mil 99 millones de pesos, 92% más que la cifra inicial, que era de 75 mil millones de pesos. La construcción del tren comenzarán el próximo mes de abril, con miras a que entre en operación entre 2027 y 2029; se estima que tenga una vida útil mínima de 50 años.
